Marek Szydło jest autorem blisko 200 publikacji naukowych, w tym 14 samodzielnych monografii naukowych, a także opublikował ponad 170 artykułów naukowych w czasopismach prawniczych.
Jest w szczególności autorem 17 artykułów naukowych opublikowanych w zagranicznych czasopismach z tzw. listy filadelfijskiej (Journal Citation Reports). Jego prace naukowe są cytowane w publikacjach naukowych na całym świecie (m. in. w Europie, USA, Australii), w tym są cytowane w prestiżowych czasopismach z listy filadelfijskiej oraz w zagranicznych podręcznikach wydawanych przez renomowanych wydawców. Obecnie Marek Szydło posiada jeden najwyższych tzw. współczynników wpływu swoich publikacji (Impact Factor według Web of Science liczony zgodnie z IF czasopisma) spośród wszystkich polskich prawników (wynoszący aktualnie ok. 20, co jak na publikacje w czasopismach z dziedziny nauk prawnych jest wynikiem znaczącym).
Jego zainteresowania naukowe są skoncentrowane na szeroko rozumianym prawie publicznym, w tym publicznym prawie gospodarczym, prawie konstytucyjnym, prawie administracyjnym, prawie Unii Europejskiej, prawie międzynarodowym, a także na prawie prywatnym związanym z działalnością gospodarczą.
Jest obecnie i był w przeszłości kierownikiem licznych projektów badawczych, w tym finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki.
Uzyskał liczne nagrody i wyróżnienia za działalność naukową, w tym: stypendium Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej dla młodych naukowców (2003-2004), nagrodę czasopisma „Polityka” dla najlepszych młodych naukowców (2007), wyróżnienie w konkursie czasopisma „Państwo i Prawo” dla najlepszych rozpraw habilitacyjnych (2008) oraz stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców (2012).
Jest autorem stu kilkudziesięciu opinii prawnych i ekspertyz, sporządzonych dla publicznych instytucji (w tym dla Sejmu RP, Najwyższej Izby Kontroli, ministerstw, urzędów centralnych i jednostek samorządu terytorialnego) oraz dla największych polskich przedsiębiorstw (publicznych i prywatnych, w tym PKN Orlen, PGNiG, KGHM Polska Miedź S.A., dawna Telekomunikacja Polska S.A.). W szczególności sporządzał liczne merytoryczne ekspertyzy legislacyjne mające za przedmiot projekty ustaw procedowanych w Sejmie RP, a także sporządzał dla Marszałka Sejmu projekty stanowisk Sejmu RP na potrzeby postępowań przed Trybunałem Konstytucyjnym.